Rijeka Vrljika izvire iz nekoliko izvora u sjeverozapadnom dijelu Imotskog polja i teče cijelom njegovom dužinom, u prvom dijelu pod već spomenutim imenom, a gdje se nalazi i sam rezervat, a u drugom dijelu u RH pod imenom Matica, te dalje u Hercegovinu. Duž cijelog toka rijeka je hidrološki praktično ista, pa se ne može govoriti o klasičnoj podjeli na gornji, srednji i donji tok. Rezervat se nalazi u izvorišnom dijelu i nešto više od 2 kilometra nizvodno, a u širinu zahvaća po 100 metara s obiju strana rijeke. Na cijelom tom području rezervat je izrazito opterećen nedopuštenom izgradnjom i ispuštanjem nepročišćenih kanalizacijskih voda. Nedopuštena izgradnja odvija se praktično i sada. Sam je rezervat proglašen zbog postojanja četiri endemične riblje vrste, od kojih je najznačajnija mekousna pastrva (Salmothymus obtusirostris), koja se baš na području rezervata već više godina uspješno umjetno mrijesti u svrhu obogaćivanja divlje populacije.

Oko rezervata je i lovište, a također i obradive površine. Iz jednog od izvora napaja se i lokalni vodovod. Potencijalna, iako ne još i dokazana opasnost je utjecaj invazivne populacije štuke iz obližnjeg Prološkog blata, koje je s Vrljikom povezano.